وی در پایان سخنان خود با بیان اینکه بیماری مکنون در مشروطه، افراط در آزادی بود لذا به سمت آنارشیسم رفت، تصریح کرد: مردم به جایی رسیدند که یک فرد مستبد را قبول کردند زیرا امنیت از آزادی بهتر است. در جمهوری اسلامی افراط به سمت مسئله رهبری رفته است و سبب می‌شود تا آزادی و حقوق مردم نادیده گرفته شود لذا تقابل دین و آزادی رخ می‌دهد و نوعی سرخوردگی از حاصل انقلاب پیش می‌آید.

تفاوت دیگر داعش و القاعده، در هدف آنها است. در ادبیات جنبش های سلفی واژه ای به نام «العدو القریب» و «العدو البعید» وجود دارد. منظورشان از دشمن دور، دشمنان غیر مسلمان و العدو القریب نیز دشمنان مسلمان است. این تعریف باوری اعتقادی است و به مکان ربطی ندارد. ادبیات القاعده در پی شکار مهاجمان مسیحی و یهودی است و دشمن دور اولویت دارد اما در ادبیات داعش دشمن نزدیک و مسلمان سنی، شیعیان و حاکمان محلی مهم است.

مسأله ی من در آثارم، مسأله تاریخی است. با انقلاب های شدید و دگردیسی های بنیادین، همچون نسخه های استادم مجتهد شبستری، مشکلات حل نمی شود. صبوری می خواهد. اگر اندیشه تنظیمات در دوره ی ناصری موفق می شد، احتمالاً مشروطه ایران سرانجامی شبیه مالزی می داشت. اما چون تنظیمات ناکام بود و دولت به دنبال تصاحب منافعش رفت، تنها پناهگاه مردم نیروهای مذهبی شد. به این ترتیب هر نوع رهایی بخشی با رهبران مذهبی گره خورد. این مسأله جلو آمد تا به انقلاب اسلامی. این سنت تاریخی ما بوده است.

خلاصه استدلال ابوبکر ناجی این است که یا استعمارگران در جهان اسلامی سلطه دارند یا مستبدانی که دروازه ورود استعمار به جهان اسلام هستند. همچنین در جهان اسلام دموکراسی شعاری بیش نیست. هیچ‌کسی اجازه نخواهد داد که مسلمانان ایده‌های خودشان را به‌صورت دموکراتیک اجرا کنند. در همین زمینه به مشکلات مصر اشاره می‌کند. نویسنده می‌گوید دموکراسی‌خواهان جهان اسلام آن‌قدر تلاش می‌کنند و سرکوب می‌شوند که سرانجام مأیوسانه پیر می‌شوند و ناامید از دنیا می‌روند؛ یعنی برای آن‌ها راهی وجود ندارد و راه دموکراسی کاملاً بسته است.

تحولات اجتماعی و نظری در جهان اسلام به سمتی گرایش پیدا کرده است که دفاع از‌ این‌ اندیشه با توجه به مبانی رایج شـیعه بـا امتناع‌های تـئوریک و فرهنگ مواجه است. به هر حال اندیشه مشروعیت مبتنی بر‌ قرارداد‌ و بیعت‌، ردپایی در تاریخ اسلام و خاطره‌ای درست در حافظه فرهنگی شـیعه ندارد. اما ‌«دلیل‌» این‌ امر ظاهراً فقدان نص نیست، زیرا نصوص دینی ما، به ویژه آثار بر جای‌ مانده‌ از‌ امیر المومنین(ع) آکنده از این رویکرد است.

غنوشي در حال تبديل شدن به رهبر جناح نوگراي اخوان است. البته نكته‌اي كه در نامه وجود دارد اين است كه ايشان نگفت كه رابطه خود را با اخوان قطع مي‌كند بلكه عنوان كرد كه رابطه را تعليق مي‌كنيم. در اين نامه تاكيد شده كه اخوان چرا بايد در همه كشورها مداخله كند و اصلا اخوان چه حقي دارد در جاهاي مختلف مانند سوريه مداخله كند بلكه بايد بگذارد كه جنبش‌هاي داخلي به صورت ملي مسائل خود را حل كنند زيرا اخوان با دخالت خود فرآيند تولد مليت را مي‌شكند.

خطاب «تنبیه‌الامه و تنزیه‌المله» به مخالفان مشروطه است و بزرگ‌ترین رهبران فکری مخالف مشروطه نیز دو نفر هستند؛ یکی مرحوم شیخ فضل‌الله نوری و دیگری مرحوم سیدمحمدکاظم طباطبایی‌یزدی صاحب «عروه» است. مخالفت‌های مرحوم یزدی چندان مدون نیست اما مخالفت مرحوم شیخ فضل‌الله مدون است. مرحوم شیخ فضل‌الله نوری برای ما یک نعمت است، زیرا شبهه‌ای را به لحاظ علمی مطرح می‌کند که 110 سال است نمی‌توانیم از آن خارج شویم. شبهه‌ای که تحت‌عنوان امتناع دولت ملی یا امتناع دولت دموکراتیک مطرح می‌کند و شبهه سنگینی است. شاید هم بتوان گفت شبیه شبهاتی است که در ادبیات غرب مطرح شد. مرحوم نایینی تلاش می‌کند به این شبهه پاسخ دهد.

اصطلاحاً می‌گویند کار استبداد این است که زمین سوخته ایجاد کند؛ یعنی ریز و درشت جماعت را همسان جارو کند و به پیش رود. این پارادوکس استبداد است، اما تقدیر تاریخ این است که انسان‌های غیرتمند در مقابل فشار استبداد مقاومت می‌کنند، شاید این مقاومت‌ها زود به نتیجه نرسد، اما این فضیلت آرام‌آرام به جامعه سرایت می‌کند.

شما فکر می‌کنید که داعشی‌ها همه‌شان آدم‌های غیرعاقلند که در آنجا جمع شده‌اند؟ اصلا این گونه نیست. برخی از آنها عقلای عصبی شده‌اند. برای خودشان عقلانیتی دارند. این گونه نیست که فکر کنیم همه آنها آدم‌های نرمالی نیستند و ما همه نرمال هستیم؛ بلکه وضعیتی آنها را به این روز انداخته‌ است.

اهل سنّت براى حفظ موضع سياسى و دفاع از منظومه فكر سنّى، همواره از التزام به نصّ صريح حديث امتناع نموده و كوشش كرده است حديث غدير را «تأويل» نمايد. ابن حجر هيثمى تأييد مى كند كه حديث غدير بدون ترديد صحيح است و حديث شناسان مشهور سنّى چون ترمذى، نسائى، احمد بن حنبل بر درستى آن گواهى داده اند. هيثمى به رغم ديدگاه تأييدآميز نسبت به سند حديث غدير، با تحفّظ بر اعتقاد رايج سنّى بر مشروعيت خلافت ابى بكر، به لزوم تأويل در معناى حديث اصرار مى كند.