به خاطر حوادث سال ۸۸ تا حدودی دست رهبری بسته شد و به خاطر نگرانی از زنده شدن فتنه ۸۸ با آقای احمدی‌نژاد با ملاحظه رفتار شد و مجلس نیز هر زمان می‌خواست کاری انجام دهد، درگیر همین ملاحظات می‌شد.
مطهري كه چند ماه پيش به خاطر حمله و اهانت به شوراي نگهبان و حمايت از برخي دست اندركاران فتنه از سوي شبكه دولتي انگليس، عنوان اصلاح طلب جديد را دريافت كرد، خواستار حضور خاتمي در انتخابات با وجود احتمال رد صلاحيت وي شده و مي گويد: تهديدها نبايد تاثيري بر نامزدي خاتمي بگذارد. [اگر رد صلاحيت شود] خود همين هم بركاتي دارد؛ از اين نظر كه ميزان سعه صدر نظام در برابر منتقدان مشخص شده و برخي رويكردها شفاف تر مي شود. هر چه مسائل براي مردم روشن تر شود بهتر از اين است كه در هاله اي از ابهام باقي بماند.
مطهری در بخشی از ین مصاحبه گفته است:«ما نمی‌دانیم نظر قطعی ایشان چیست اما این روحیه، روحیه چندان مناسبی نیست. اگر بنا دارند بیایند باید همه هزینه‌ها را – حتی ردصلاحیت – بپذیرند و آماده باشند. نباید با روحیه منفعل وارد کارزار انتخاباتی شد. این انتخابات به روحیه بالا و حضور جدی نامزدها نیازمند است. رشد اجتماعی مردم هم مانع تکرار تجربه‌های گذشته خواهد بود، ضمن اینکه ایشان هم پخته‌تر از دوره گذشته است.»
این تهدیدها نباید تاثیری بر تصمیم اعلام کاندیداتوری نامزد آنها مثلا آقای خاتمی بگذارد. ایشان اگر خودشان احساس می‌کنند که آمدن‌شان در این برهه تاریخی ضرورت دارد، باید بیایند و توجهی به این تهدیدها نکنند. اگر تصمیم به آمدن داشته باشند و اعلام نامزدی کنند، معتقدم که اقبال مردم و فشار افکار عمومی در تصمیم نهادهای مسوول هم تاثیرگذار خواهد بود. خود همین ردصلاحیت هم برکاتی دارد. از این نظر که میزان سعه صدر نظام در برابر منتقدان مشخص شده و برخی رویکردها شفاف‌تر می‌شود. هر چه مسایل برای مردم روشن‌تر شود بهتر از این است که در هاله‌ای از ابهام باقی بماند.
ببينيد حرف زدن خيلي قشنگ است اما بايد ببينيم افراد چقدر اهل عمل هستند. آقاي علي مطهري در طول اين همه تجاوز هشت ساله و جنگ تحميلي آيا يك روز به جبهه آمدند؟ آيا ايشان يك روز آمدند از بچه‌هاي ما كه در اين جبهه‌ها به شهادت رسيدند دفاع كنند كه الان از اينها [ستار بهشتي، هاله سحابي و فروهرها] دفاع مي‌كند؟ البته ما شهيد مطهري را از همه نظر قبول داريم. اما پدر چه كار دارد به پسر يا پسر چه كار دارد به پدر؟
علی مطهری در گفتگو با مهر، درخصوص طرح سوالش از مصطفی محمد نجار وزیر کشور در یکی از جلسات این هفته مجلس شورای اسلامی اظهارداشت: این سوال درباره مرگ ستار بهشتی ( وبلاگ نویس) است. انتظار داشتیم از خانواده ستار بهشتی و مردم عذرخواهی شود و رضایت خانواده او گرفته شود که البته این کار انجام نشد.
نماینده تهران در مجلس شورای اسلامی گفت: مشارکت بالای مردم در انتخابات ریاست جمهوری آینده و زمینه سازی برای آن از جانب مسوولان می‌تواند تاثیر زیادی در تحقق حماسه سیاسی و حماسه اقتصادی داشته باشد.
علی مطهری٬ نماینده مجلس می‌گوید بخشی از جامعه هنوز از اتفاقات انتخابات سال ۸۸ «دلگیر و ناراضی» است و به نوعی در «شرایط قهر» به سر می‌برد٬ اگر شرایط فعلی ادامه یابد انتخابات «فرمایشی» خواهد بود.
این نماینده مجلس در ادامه ی سخنان خود گفت: پدرم اگر شهید نمی شد، مانع از جدا شدن مهندس مهدی بازرگان از بدنه نظام می شد و یقین دارم اگر می ماند جزء نا اهلان به حساب آورده می شد.
