به دلیل عدم پرداخت حقوق پزشکان در موعد مقرر برخی پزشکان خواستار خروج از این طرح هستند و طرح پزشک خانواده به دلیل ندادن حقوق به موقع پزشکان و عدم همکاری بیمه ها در تهران متوقف شد.
پس از برکناری وحیدی دستجردی وزیر سابق بهداشت محمود احمدی نژاد دستور تخصیص بودجه به طرح پزشک خانواده را صادر کرده است، پیش از این نیز اخباری مبنی بر ترخصی داروهای انبار شده در گمرکها پس از این برکناری منتشر شده بود.
