نشست مشترک وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه اگرچه در ظاهر تلاشی برای همگرایی و دستیابی به استراتژی مشترک بین این دو نهاد حکومتی به نظر میرسد اما شواهدی از بروز اختلافات درونی بین این دو نهاد در آن دیده می شود
۱۲ نماینده مجلس طی تذکری ضمن ادعای فعالیت جریان چندصد نفری نفوذی سرویسهای جاسوسی غربی در روزنامهها و رسانهها، خواستار مقابله جدی با آنچه که آنها جریان نفوذی نامیده اند شدند.
آقای علوی از شناسایی و دستگیری "هستهها و تیمهای مرتبط با تکفیریها طی دهها عملیات" و همین طور برخورد با گروه الفرقان توسط وزارت اطلاعات خبر داده است.
محمد محمدی ریشهری گفته زمانی که وزیر اطلاعات بوده این وزارتخانه با «هفت خط» زیرنظر روحالله خمینی فعالیت میکرده و وزارت اطلاعات باید تبدیل به «سازمان» شده و تحت نظر رهبر قرار بگیرد.
علی مطهری در گفت وگو با خانه ملت، در تشریح وضعیت سؤال از سیدمحمود علوی وزیر اطلاعات، گفت: در نشست یکشنبه (3 آذر) کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس بعد از استماع اظهارات وزیر اطلاعات از پاسخ های وی قانع نشدم، از این رو مقرر شد که این وزیر طی 10 روز اقداماتی را برای پیگیری پرونده شنود و قانع کردن من انجام دهد.
یک مقام آگاه وزارت اطلاعات اعلام کرد که این وزارتخانه با درخواست خانم زهرا رهنورد مبنی بر اینکه ملاقات هفتگی ایشان با اعضای خانواده اش، به مناسبت عید سعید غدیر خم در منزل خودشان انجام شود، موافقت کرد.
علوی در ادامه یادآور شد: آنچه ریاستجمهوری را به پیشنهاد این حقیر برای وزارت اطلاعات وا داشت استحضار ایشان از پیشینه من در ارتباط با ماموریتهای وزارت اطلاعات بود. من در کمیسیون خاص تدوین قانون وزارت اطلاعات در مجلس حضور داشتم و هنوز جزئیات آن جلسات را در ذهن دارم.