آخوند خراسانی از مراجع تقلید در دوره مشروطه در مورد مشروطه و حاکمیت مورد نظراعلام کرد”حکومت مسلمین در عهد غیبت حضرت صاحب الزمان عج با جمهور مسلمین است.” در جای دیگر با صراحت بیشتر می گوید: “به تجربه ثابت شده است که نه دهم معایب حکومت های زمان غیبت، در مشروطه حل می شود.” نگاه به بعضی از نقطه نظرها و اقدامات وی نشان از وجود فقیه و مرجع آگاه به امور سیاسی و اجتماعی با توجه به مسائل روز می داد.
در بحبوحۀ مشروطه و بعد از دوران استبداد صغیر و ظهور فضای که رهبران مشروطه با متخلفان و مخالفان مشروطه برخورد می کردند مراجع علی الخصوص آخوند خراسانی در مقابل این برخوردها علاوه بر اینکه نقش رهبری را بازی می کردند، در خلاء قوانین مدون، می کوشیدند کارها را در مجرای طبیعی قرار دهند، به عبارتی، همچنان که در زمینه ای حقی قائل می شدند، در برابر کارهایی که مغایر آن حق شناخته می شد ممانعت می نمودند.
بیش از همه، ایشان از مشروطه خواهان خواستند اینک که مشروطه باز گشته است، با مخالفان خود، روش پیامبر اسلام در روز فتح مکه را در پیش گیرند و رحمت و عطوفت را جایگزین انتقام ستانی کنند؛ دوم، اینکه از اعدام مخالفان بعنوان مخالف مشروطه و پشتیبان استبداد خود داری کنند، سوم اینکه قانون اساسی را سرلوحه اقدامات خود قرار دهند و آن را اجرا کنند.
آخوند خراسانی تلاش می کردند روند مشروطه بر شالوده ای که مورد پذیرش نمایندگان مجلس اول بود، نهاده شود تا صبغه قانونی رفتارها و کردارها حفظ گردد …. آخوند خراسانی سر لوحۀ فعالیت های خود را جلوگیری از دست اندازی های بیگانه به کشور و نگهداشت استقلال و یکپارچگی سرزمینی ایران عنوان کرد، و بر این باور بودند که تندروی ها باعث شکاف در همبستگی ملی ایرانیان می شود و زمینه های تضعیف مشروطه و دست اندازی بیگانگان به کشور را فراهم می سازد.
آخوند خراسانی سعی می کرد همه امور بر سیاق قانون و نظم جاری و ساری باشد و از هرج و مرج جلوگیری شود.”وی از هرگونه میان بر زدن که می توانست نتیجه معکوس به بار آورد خود داری می کرد و می کوشید بر اساس آنچه هست بنای تازه ای از سامان سیاسی نو که عنوان مشروطه گرفته بود، برپا کند.
آخوند خراسانی هدف مشروطه را ” اجرای احکام الهیه عز اسمه ” می دانست تا دست کسانی که پای بیگانگان را به ایران باز کرده و باعث برباد رفتن استقلال “وطن اسلامی” شده بودند کوتاه کند. توجه به استقلال وطن ویژگی برجسته اندیشه سیاسی آخوند خراسانی بود. در کنار آن، او هدف خود را رویارویی با کسانی عنوان می کرد که با رفتارهایشان بهانه به دست بیگانه می دهند تا یکپارچگی سرزمینی کشور را به خطر اندازد.
آخوند یکسره از افراط و تفریط دور بود، در برابر استدلال ها و اندیشه خود را بر اعتدال و خرد سیاسی استوار کرده بود. او آشکارا مرز خود را با کسانی که در تهران قدرت به دست داشتند حفظ می کرد و نیز مرز بندی روشنی با گروههای دیگر داشت. آخوند ملا کاظم خراسانی همه این رفتارها را تندروی می دانست. بالاتر اینکه او حتی گردآوری کمک برای دولتی را که به”حفظ وطن” کمک کند “جهاد فی سبیل ا…” می دانست و از همه می خواست مانع بی نظمی شوند، زیرا بی نظمی به مداخله ” کفار” در امور داخلی کشور می انجامد.
قانونمدار شدن ایران، نخستین اولویت آخوند خراسانی به شمار می رفت، به همین دلیل هم قانون اساسی و اجرای اصول آن را پایه این اندیشه می دانست. مراجع و در رأس آنان آخوند خراسانی برای خود در نظام مشروطه قدرتی و مقامی نمی خواستند تا بر پایه آن خویش را صاحب حقی برای تنفیذ قوانین به شمار آورند و این موضوع با اندیشه های آنان یکسره مطابقت داشت.
در گفتمان مراجع بخصوص آخوند خراسانی هدف” حفظ دین و احیاء وطن اسلامی” بود و مرادشان ” اجرای احکام و قوانین مذهب” بود. آنها می گفتند هدف از مشروطه این نیست که بجای عمال استبداد،” هر چه که بود باز لفظ دین و مذهب” را به زبان می آوردند اراده ای فاسد،” از مواد فاسده مملکت به اسم مشروطیت ” تأسیس نمایند و”دو اثر مفسده”ایجاد کنند. آنان” اجراء تمدن اسلام” را می طلبیند، زیرا این، تنها وسیله حفظ کشور است، نه اینکه”هتک نوامیس دینیه و اشاعه منکرات اسلامیه” جایگزین آن شود.
آنان مشروطه را جز”براساس قویم مذهبی که ابدالدهر خلل ناپذیر است” نا ممکن می دیدند، از “لزوم حفظ بیضه اسلامیه و وطن اسلامی” سخن می گفتند و در یک کلام اجرای اصول شرع را طبق الزامات زمان خواستار بودند.