علی‌مطهری در یادداشتی اعتراضی به محدودیت های جدید تحمیل شده علیه سید محمد خاتمی نوشت:
????محدودیت‌های جدید برای جناب آقای سیدمحمد خاتمی که گفته می‌شود از سوی دادگاه ویژه روحانیت به ایشان اعلام شده و این خبر توسط نزدیکان وی تایید شده است، گذشته از غیر قانونی بودن آن که یک دادگاه بدون حضور متهم و شنیدن دفاعیات او و احیانا وکیلش و استفاده او از حق اعتراض و تجدید نظر چگونه چنین حکمی را صادر کرده است، انسان را به فکر وا می دارد که در شرایط امروز جامعه که احتمالا آمریکا تا ۱۰ روز دیگر از برجام خارج می‌شود و منتظر یک بهانه حقوق بشری است، آیا کسانی که چنین تصمیماتی می‌گیرند از روی نادانی چنین می‌کنند یا نقشه‌ای دارند که مثلا زودتر به پایان برجام برسند. هر دو حالت مایه تاسف است. در حالی که افکار عمومی جامعه پی در پی علامت می‌دهد که مخالف ادامه حصر خانگی است، آن‌ها یک حصر دیگر اضافه می‌کنند و شخصیتی را بدون مستند قانونی از حقوق اجتماعی و شهروندی‌اش محروم می‌نمایند.
????ما قانون اساسی خوبی از نظر رعایت حقوق ملت داریم ولی متاسفانه با تصمیمات برخی نهادها که بعضا در قانون اساسی هم وجود ندارند و برای یک نیاز موقت و متناسب با شرایط اوایل انقلاب بوجود آمده بودند، به راحتی اصول متعدد آن زیر پا گذاشته می‌شود، یعنی نقض غرض. قانون اساسی خوبی نوشته‌ایم و مجلس هم قوانین عادی خوبی تدوین کرده است، اما برخی شوراها و نهادهایی مثل دادگاه ویژه روحانیت، قانون اساسی و مجلس را دور می زنند و کشور را به سوی خودکامگی سوق می‌دهند، همان چیزی که برای نابودی آن انقلاب کردیم.
????علاوه بر این آیا این‌ها فکر نمی‌کنند که با این محدودیت‌ها بر محبوبیت آن سید می‌افزایند؟ اگر ایشان و دو نفری که در حصر خانگی به سر می‌برند خطایی کرده‌اند باید روال قانونی خود را طی کند و تکلیف آن همراه خطاهایی که بخشی از نظام در آن وقایع مرتکب شد در دادگاه علنی صالح روشن شود. اگر این ها در طولانی کردن اعتراضات و در نتیجه بهره برداری دشمن خطا کرده‌اند، در مقابل مثلا برخی اعضای شورای نگهبان و رئیس‌جمهور سابق خطاهای فاحش مرتکب شدند. این نمی‌شود که مردم را برده خود بدانیم و برای آن‌ها دستور حصر و محدودیت صادر کنیم. مجلس در این جا وظیفه سنگینی دارد و باید از حقوق ملت دفاع کند و اساسا فلسفه وجود مجلس جلوگیری از خودکامگی‌ها و دفاع از حقوق ملت است.
